La chiesa di San Pietro sorge in quella zona urbana che si andò formando quando, a partire dall’XI secolo, come attesta il Regesto Farfense, attorno all’oratorio rurale di Sant’Eugenia si costruì il primo nucleo del castrum Manliani. La sua costruzione è databile ad un periodo successivo al XII secolo quando sorse isolata da paese ed in seguito, a causa della lenta espansione urbanistica iniziata nel XIV-XV secolo, inglobata dai nuovi edifici che ne alterarono l’aspetto originario. L’attuale conformazione planimetrica della chiesa è costituita da tre navate, divise da due file di colonne che concludono la pianta attraverso una stretta ed alta abside priva di arco di trionfo.

Le colonne, cinque per parte, sono coeve alle altre strutture, fatta eccezione per due, che si trovano in seconda posizione a partire dall’ingresso, frutto entrambe di riutilizzazione di edifici predenti, probabilmente di epoca romana imperiale. La facciata, a capanna composita, è ornata da sottili semicolonne; ha il portale sormontato da una lunetta (di epoca più tarda) sopra la quale si apre un finestrone semicircolare. La muratura della chiesa non è omogenea: nella parte superiore è a mattoni ed in quella inferiore in tufo.